1940年7月，为了彻底切断中国仅存的一条国际通道，日本军队直接出兵强行占领法属印度支那越南，不仅切断了滇越铁路，而且由于距离缩短，使得昆明的轰炸更加频繁，轰炸范围由城里扩大到昆明郊区。

　　与此同时，日军开始组织精锐部队向云南境内进犯，处在硝烟炮火中的云南人民与流亡到昆明及周边地区的各机构、单位、学校，全面置于敌人的轰炸范围之内，西南联大自然也不能幸免。

　　梅贻琦作为常川驻校的常委会主席，也要随师生一起跑警报，而且在奔跑途中还要尽掩护督促之责，如亲历者陈岱孙所说：那时候经常有警报，而“一有警报，我们就往后山跑，上坟堆里去。飞机来了，就趴在坟堆里看着下炸弹，下了炸弹以后飞机飞走了，我们才站起来。那时候，张伯苓校长在重庆，蒋梦麟也经常到重庆去，有时也在昆明，但是很少参与学校的事情。梅校长就是那个时候的校长，尽管名义上是常委。他经常每天办公，警报一来，也跟学生一样一起往后山跑，飞机来时，跟学生一样趴在学生身边。所以当时，学生看起来，梅校长是很亲近的”。

　　除了亲近，梅贻琦更多是保持了临危不惧、先人后己的君子风范，而这个形象给女生留下的印象要比男生深刻得多。如联大女生王远定在许多年后仍记得当时的场景：“有一次在紧急警报后，来不及走避的同学，便集中在南院防空洞前，看见梅校长到来，当然请校长先行，而敌机已在空中机枪扫射，在这样危急的情况下，校长仍坚持让我们一个个先进去，自己殿后。长者风范，真令人钦仰。”

　　鉴于敌机对昆明的轰炸越来越凶，国民政府相继下达指令，令国立西南联合大学，国立同济大学，国立中央研究院史语所、社会学所、气象所，以及国立中央博物院筹备处等驻昆学校和科研机构，向滇境腹地和川黔一带安全地区迁移。

　　根据教育部训令，梅贻琦与当时的联大教务长樊际昌、庶务处主任毕正宣赴云南澄江考察，寻求新的迁移之所。可惜澄江接纳能力有限，只能接纳一个学院，其他院系无法安置。梅贻琦等决定继续寻觅校址，以保障师生安全。

　　经过调查，最终决定将分校地点设在重庆以西的四川辖境。这里号称天府之国，既有千山万壑的阻隔，又有长江、岷江、金沙江、嘉陵江等支流和国民政府战时首都重庆相通，其间有大大小小的坝子可以耕种，粮食、蔬菜等生活必需品容易解决，是一个天然的避难场所与积蓄力量、待机反攻的后方基地。

　　正当联大拟就迁川地点做最后抉择的时候，日军得到情报，借机对联大师生施以颜色，发起了针对联大校舍和师生的凶残大轰炸。

　　这天下午，梅贻琦正在办公室处理公务，紧急警报响起，他像往常一样走出办公室，随师生穿过校园后门奔赴后山躲避，可是还没跑到离校园最近的白泥山，敌机已飞临校园上空，密集的炸弹像冰雹一样落下，顿时浓烟腾起，常委办公室与临近的一幢宿舍被炸塌，周边房舍都陷于浓烟火海之中。

　　轰炸过后，梅贻琦指挥师生抢救被埋衣物，然后请建筑工人对炸毁房舍修补、重建，各地清华校友与热心人士闻此凶讯，函电纷驰，备致慰问，梅贻琦专门作《联大校舍被炸启事》一文，对这事件予以详细报告，他说：“敌机袭昆明，竟以联大与云大为目标，俯冲投弹，致使联大遭受巨大损失，师范学院男生宿舍全毁，办公处及教员宿舍也有多处震坏。本校在办事处自建一防空洞，本为存储重要卷宗的地方，在这一次轰炸中也全部震塌。经过发掘后，幸好卷宗完好，只可惜有两名工友为保护卷宗而牺牲。”

　　最后，梅贻琦以悲壮坚定的信念敬告清华校友称：“物质之损失有限，精神之淬励无穷，仇深事亟，吾人更宜努力。”以此与师生共勉。

　　联大遭到有目的的大规模轰炸这一天，昆明距日军占领的越南河内军用机场不足600公里，距已经推进至河口一线的日军先头部队不足400公里。地处边陲的云南昆明由大后方瞬间变成了战火纷飞的战区旋涡和进退无门的孤岛。

　　为了保存民族文化命脉与火种延续，以及保证各项研究事业继续进行，联大常委会于11月13日决定，在四川泸县以南的叙永设立分校。经过千辛万苦的奔波与反复勘察、斟酌、协商，最后得以拍板定案。

　　校址既定，西南联大常委会聘请杨振声为分校主任，先迁移一年级和选修班学生到该校上课，待将来形势变化再做是否全部搬迁的抉择。

　　这个打算，按梅贻琦的解释是：选择办学的地方，并不是专以安全为原则，“单纯为安全可到西藏或喜马拉雅山。但是过分闭塞的地方，不是学校所在的目的地。到云南，是因为有滇越与滇缅两条路可以通到国外，图书仪器容易运进来。不幸的是太平洋战起，越南与缅甸相继沦陷，这时被圈在里面，无法通出去，且安全又成问题，所以一部分又到叙永。政府曾经提醒我们注意，万一敌人攻云南时，得求一安全之地。可是我们仍不愿离开昆明，宁愿冒险，去叙永是作万一的准备”。

　　因战时交通不便，这一年招收近700名新生，入校注册时间推迟到1941年1月2日，新生与先修班学员共同上课。自此，中国西南边陲叙永小城的庙宇祠堂，又诞生了一个个特殊课堂。

　　叙永分校既已安置妥当，在昆明的西南联大校方，一面继续组织二年级以上本科生与研究生等上课，一面酝酿继续迁校事宜。当时日本军队对昆明轰炸已经进入到最后的疯狂阶段，许多着弹点针对政府机关、厂企、学校甚至民房，人员伤亡与房屋财产毁坏更加严重。为了躲避敌机轰炸，全城民众与各机关职员、学校师生三天两头在“昂、昂”的警报声中奔跑，到警报解除时都是疲惫不堪。

　　8月14日，当西南联大校舍再度被炸的凶讯传出后，远在四川的梅贻琦得到消息，既惊又恐，立即发电向蒋梦麟、查良钊等询问，得知此次轰炸是日军对西南联合大学最惨烈的一次轰炸。据当时在校学生何兆武回忆说，轰炸过后，他看到蒋梦麟校长坐在图书馆前的地上，一副凄凉无奈的样子。众生见校舍毁坏如此惨重，在悲愤中流下了热泪。

　　校舍被炸，近半数联大学生已无枝可栖，只得随着大批流民自寻住处，新一轮困难继之发生。听闻消息，梅贻琦提前结束川渝考察，于8月23日晨由重庆珊瑚坝机场乘机返回昆明，刚出机场即闻有空袭预警，于是匆忙搭朋友沈天梦的汽车进城，赶到西仓坡清华办事处察看，只见四周落弹很多，自己所居住的房屋已全部倾圮，私人什物多有损毁，幸亏家人当时未在房舍，得以保全性命，算是不幸中之大幸。

　　慨叹之余，梅贻琦与庶务科主任毕正宣共赴新校南北区察看被炸各处情形，昔日熟悉的联大校舍已满目疮痍，惨不忍睹，梅贻琦在废墟中徘徊忧思，痛楚不已。

　　为了能让学校如期开学，梅贻琦于艰危中孤木独撑，他向教育部致电，报告联大校舍被炸惨状与损失情况，请求拨款修理费90万元，以资尽快恢复校舍……

　　当天晚上，忙碌了一天的梅贻琦回归西仓坡寓所，顿感身心俱疲，坐于廊上喘息，望着天上的明月，心中不免凄然。所幸的是，在梅贻琦的亲自督导下，清华办事处及联大新校舍得以及时修葺，特别是新校区的教室、实验室与宿舍，经过一个多月的赶工清理与修缮，以神奇的速度在新学年到来之时交付使用，并照常开学上课，弦歌再度于秋雨秋风与炮火硝烟笼罩下的茅屋陋室响起，铮铮然若不屈之声。

　　就在这一时期，中外抗战局势又发生了变化，以美籍空军上校陈纳德为队长的中国空军美国航空志愿队在昆明成立，即将展开对日空战。日机轰炸昆明的疯狂与残忍即将受到扼制，中国已现翻盘的迹象，抗战胜利的曙光通过一条缝隙映照西南天地。

　　考虑到四川叙永分校过于闭塞、简陋，与外界联系极其困难，加之仓促建校，设施与图书资料等极度空乏，师生对此皆不满意，且思归心切。梅贻琦根据夏间前往考察并与师生交谈的情况，与常委会诸委员多次讨论，最终决定等叙永分校一年级生考试完毕，再全部迁回昆明，租借昆华中学校舍上课。

　　至此，叙永分校结束，尽管只存在了半年多时间，却长久地留在了联大师生们的记忆里。

　　叙永分校师生的回归，是联大在组建初期的文法学院于蒙自转赴昆明之后，整体实力的第二次汇合与勃兴。当时在昆明西南联大已有文、法、理、工、师范等五院二十六学系，学生人数超过3000人，加上先修班与研究院、各研究所的师生，人数更加庞大，一跃成为中国境内规模最大的高等学府。