通过蔡元培的大力整顿，北大焕然一新。在蔡元培“兼容并包”的方针下，北大当时不仅有存在新思想和旧思想的师生，也有人持中立态度。

　　在《新青年》和《新潮》创刊之后，有热衷国学的教员创办了《国粹学报》和《国故》月刊，也有持中立态度的师生创建了《国民》杂志社。不仅如此，当时的北大在选聘教师、课程安排和课外活动等方面也都充分地体现了这一点。顾颉刚说过这样一句话来评价蔡元培：“蔡先生聘任教师，不问人的政治意见，只问人的真实知识。”无论是代表进步思想文化的陈独秀，还是像刘师培、辜鸿铭这样学识广博的人物，各方学者都纷纷登上了北大的讲坛。在这种新型教育方式下，学生们不仅能够解放思想自由发展，也能在经过比较和选择后改变思想。各类学派和观点也在自由发展中实现了优胜劣汰，可谓是一举多得。

　　经过蔡元培的整治，北大不仅在日常的教学中展现了新的面貌，连课外活动也明显活跃起来。师生们自发建立了许多组织，比如静坐会、武术会、辩论会和书法研究会等等，极大地丰富了课余生活。当时表现比较突出的有徐宝璜等人发起的新闻学研究会，还有哲学研究会、《每周评论》和《国民》月刊等。新闻学研究会成立于1918年10月，是中国首个有组织的新闻学研究团体，培养了一批具有专业精神的青年，甚至有像毛泽东和李大钊这样的革命领袖；还有罗章龙等著名的社会活动家；或者像谭植棠、高君宇等报刊和杂志的重要作者。

　　俄国的十月革命爆发以后，马克思主义传入中国。北大的李大钊作为“中国马克思主义”第一人，为马克思主义的传播作出了巨大的贡献。1918年冬天，李大钊组织成立了“马克思主义研究会”，在刊物上介绍了马克思主义，同时还在课堂上讲授。1920年3月，成立了“马克思学说研究会”，年底又成立了“北京大学社会主义研究会”。无论是研究会的成立，还是社会主义课程的开设，都得到了蔡元培的同意和支持——马克思主义之所以能在北大长期存在和发展，离不开蔡元培坚持思想自由、兼容并包的开明方针；到五四运动之前，马克思主义已经成为北大一股强大的思想潮流。

　　除此之外，蔡元培还大力提倡美育。他认为人人都有情感，但不是人人都能有高尚伟大的行为，这是因为个人的感情推动力比较薄弱。如果想增强动力，需要通过美的对象来陶冶身心。这种陶冶的作用就称为美育。那么，怎样才能陶冶情感呢？那就要认识到美具有普遍性和超脱性。蔡元培还提出了“以美育代宗教”的观念，他说：“宗教是旧时代的教育，将教育的重任托付给宗教家，因此宗教就必然包含了德、智、体、美的元素。而现代人的道德必须符合现在的社会要求，而不是被几百年甚至上千年以前的圣贤所界定，宗教就变得过时了。”根据当时的教育需求，蔡元培把教育的实施范围分为家庭教育、学校教育和社会教育，并在北大多次讲授美学，直到生病了身体承受不住才停止。在他的大力推动下，北大成立了美学的相关研究会，由学生自主选择学习。

　　蔡元培对美育思想曾有详尽的论述。受康德哲学的影响，他把世界分为现象界和实体界。在他看来，新教育方针中的军国民教育、实利主义教育和公民道德教育是属于现象界的教育，目的是满足于政治上的要求。但“人不能有生而无死。现世之幸福，临死而消灭。人而仅仅以临死消灭之幸福为鹄的，则所谓人生者有何等价值乎？”人不能仅仅去追求现象界的相对和短暂的价值，应该从现象界达及实体界，追求超越性的价值。他认为，从现象世界走向实体世界，是由教育来实现的。教育包含有多个部分，如军国民教育、实利主义教育、智育、体育等,不可能每一部分都有这种跨越现象和实体世界的能力。

　　所以在大学课程的设置上，蔡元培认为大学对于不同的人具有本质上的差异，但最终都是学问的研究和传播。大学要具有综合性，必须要做到文理兼备，他也作出了相应的改革，包括扩充文理科、调整法科、将工科合并到北洋大学，然后将商科纳入法科后停办商科，还有就是用本科制代替原来的预科制。接着他又建议推出选科制，说到选科制，这也是学制改革中的一个重要环节，让学生能发展个性，自由选择想要读的科目。蔡元培还建立了研究所，供有志深造的学生毕业后可以留在母校或者转到其他学校继续攻读，给他们提供了一个继续开展研究的场所。研究所的成立和发展无论对教员还是学生都有着重大的意义，使教员们形成了更严谨的治学之风，也在学生中培养了无数人才。

　　蔡元培早在民国初期担任教育总长时，就希望推行小学男女可以同校的先进理念，到了北大，更是开创了男女可以同校的先河。1920年，北大第一次对外招收女生，之后男女同校制度逐渐在全国范围内实行起来，在短短几年内成为全国高校的通用制度，实现了改造思想、改革新文化和推动社会发展的重大意义。

　　蔡元培对北大的整治使北大实现了从封建学府到近代综合新型大学的实质性转变，成为教育界改革的楷模案例。而从思想上来说，蔡元培的教育改革带来了西方民主科学的色彩，引发了学校师生的启蒙运动，也为五四运动的发生打下了良好的基础。

　　这里我们回头说说新文化运动。陈万雄博士说过，新文化运动是一刊一校革新力量的集结，其中一刊指《新青年》，一校指北京大学。1915年《新青年》杂志在上海由陈独秀创刊，他同时也是这份杂志的主要撰稿人。当时蔡元培就很支持陈独秀，请他来北大任教，北大也成为新文化运动的主要阵地。新文化运动作为一场启蒙运动，推崇白话文、标点符号和汉语拼音，也提倡男女平等和个性自由，实质上是为了确定民主、发展科学和创造新文化。在这场伟大的文化变革运动中，虽然蔡元培不像陈独秀、李大钊和鲁迅等人一样起到领导作用，也不像钱玄同和刘半农等人冲锋在改革的第一线，但他始终拥护和支持新文化运动，并为推动其发展而保驾护航。随着新旧文化的争斗发展越来越激烈，也惊动了民国总统徐世昌，他几次召见蔡元培，以“协调”为借口进行干涉，从而施加压力；北洋政府还派侦探跟踪蔡元培。

　　就在这时，因为第一次世界大战期间，欧洲列强无暇东顾，日本乘机加强对中国的侵略，严重损害了中国的主权。中国人民的反日情绪日渐增长。1919年1月，英、美、法、日、意等战胜国在巴黎召开对德和会，决定由日本继承德国在中国山东的特权。中国是参加对德宣战的战胜国之一，但北洋军阀政府却准备接受这个决定。这次和会上中国外交的失败，导致五四运动爆发。